Ammonifikation | Agrar-Lexikon Ammonifikation (Ammonifizierung) Der Prozess der Umwandlung von organisch gebundenen Stickstoff mit Hilfe von Mikroorganismen (Pseudomonas-Arten) zu Ammonium (NH4+). Die Ammonifikation ist ein wichtiger Schritt bei der Mineralisation des Stickstoffs im Boden und Wasser.