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Die Bundesrepublik hat demnach 88 Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung nicht als besondere Schutzgebiete ausgewiesen, keine detaillierten Erhaltungsziele festgelegt und dadurch nach Auffassung der Richter die FFH-Richtlinie verletzt. Außerdem wurde es laut dem Urteil versäumt, für mehr als 700 bedeutende Gebiete Erhaltungsmaßnahmen vorzugeben.
Die Entscheidung der Luxemburger Richter ist der vorläufige Höhepunkt eines Vertragsverletzungsverfahrens, das die EU-Kommission bereits 2015 eingeleitet hatte. 2019 hatte Brüssel „nach eingehender Diskussion mit den deutschen Behörden“ ein ergänzendes Aufforderungsschreiben an Berlin übermittelt. Im Februar 2020 folgte dann die nächste Eskalationsstufe, eine mit Gründen versehene Stellungnahme.
Im Februar 2021 stellte die Kommission schließlich fest, dass eine bedeutende Anzahl von Gebieten noch immer nicht unter den angemessenen Schutz gestellt worden war und kündigte die Klage vor dem EuGH an. Teilweise war die maßgebliche Frist zu diesem Zeitpunkt bereits seit mehr als zehn Jahren abgelaufen. Der Präsident vom Naturschutzbund Deutschland (NABU), Jörg Andreas Krüger, bezeichnete das Urteil als „letzte Mahnung“ an Bund und Länder, FFH-Gebiete nicht nur auszuweisen, sondern konkret zu schützen. Anderenfalls drohten Strafzahlungen.
„Der besorgniserregend schlechte Zustand vieler Gebiete unterstreicht den dringenden Handlungsbedarf“, so Krüger. Nach Angaben des NABU befinden sich derzeit nur 25 % der Arten und 30 % der Lebensraumtypen in Deutschland in einem günstigen Erhaltungszustand. Neben der konkreten Umsetzung der FFH-Richtlinie fordern die Naturschützer ein aktives Management der Schutzgebiete sowie ein transparentes Monitoring, um den Schutz der Lebensräume und Arten messbar zu machen.
